Los Fondos especiales forman parte de la Colección general y están constituidos por conjuntos bibliográficos y otros formatos, que se mantienen íntegramente debido a su valor como fuente de consulta e investigación histórica, testimonio del pensamiento y trayectoria intelectual de un personaje relevante en un campo de conocimiento específico.
- Fondo Adolfo J. Wriedt Kentzler
- Fondo Alfonso de Alba Martín
- Fondo Armando Suárez Gómez
- Fondo Carlos Núñez Hurtado
- Fondo Castillo-Martínez
- Fondo Centro de Estudios Educativos
- Fondo Cristina Romo Gil
- Fondo Efraín González Morfín
- Fondo Erich Coufal Kieswetter
- Fondo Francisco Migoya Covarrubias S.J.
- Fondo Horst Hartung Franz
- Fondo Hugo B. Margáin
- Fondo Ignacio Díaz Morales
- Fondo Ignacio González Luna Morfín
- Fondo Jesús Gómez Fregoso S.J. FXC
- Fondo Jesús Gómez Fregoso S.J. ITE
- Fondo Jesús Rodríguez
- Fondo Jesús Romero Hernández S.J.
- Fondo Jesús Vergara Aceves S.J.
- Fondo Jorge Manzano S.J.
- Fondo Jorge Manzano Vargas S.J.
- Fondo José Ignacio Palencia Gómez S.J.
- Fondo Julio de la Peña
- Fondo Julio de la Peña Lomelín
- Fondo Luis González de Alba
- Fondo Luis González Martínez
- Fondo Manuel González Morfín S.J.
- Fondo Manuel Ignacio Pérez Alonso S.J.
- Fondo Pedro Valtierra
- Fondo Reguer Noriega
- Fondo Roberto Cruz Fuentes S.J.
- Fondo Robles Martínez
- Fondo Salvador Reynoso
- Fondo Salvador Reynoso Reynoso
- Fondo Víctor Raúl Durana Valerio S.J.
- Fondo Xavier Cacho Vázquez S.J.
- Fondo Xavier Scheifler Amézaga S.J.